东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。  　　这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。

每四年一届的体育界最大盛事——世界体育大会（世体会，WSG）即将在日本东京举行，届时时速达到惊人的1000公里的真空超导磁悬浮列车也将与世人见面。在世体会赞助商壮行会上，主办方宣布除了赞助方和嘉宾外，还将通过抽签的方式选出该列车首批荣幸之至的乘客。得到消息后，少年侦探团的各位跃跃欲试，殊不知意想不到的是突然发生。在壮行会上，许多高层领导接连遭到绑架。  　　危急关头，柯南与赤井秀一先后投入了与幕后真凶争分夺秒的抗争之中……

正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。  　　与此同时，那场连续爆炸事件的犯人越狱了！这是巧合吗？  　　这个犯人同时也是公安警察降谷零(安室透)宿命的敌人，因为他害死了自己的同学松田。在即将追到犯人之际，突然出现了一个神秘的变装人物，给安室装上了项圈炸弹。为了解除项圈炸弹，柯南赶到了安室潜伏的地下避难所。柯南从安室口中得知了另一桩事件——三年前，安室和警校同学(现已亡)在涉谷遇到了身份不明的变装炸弹犯「普拉米亚」。  　　然而这时，危险已经开始笼罩搜查中的柯南等人……

1940年，上海弄堂里有一家侦探社由三姐妹经营，大姐秋妍虽然只会娇气地端茶倒水算账，三妹冬泠对破案根本不感兴趣，只有二姐知夏一股脑儿地在坚持破案。 歌女小茉莉在演唱会即将开始之时遭到了枪杀。一心想破大案子的知夏横冲直撞进了后台，被警察拦住。最后因为妨碍公务罪再次被抓了起来。 在案子很快破完之后，有天晚上冬泠在街上带回了一个小女孩。最后小女孩说出了真相，原来她是歌女小茉莉的女儿，并指出警察抓错了凶手。 一夜，百乐门的黄老板告诉侦探社要安排小百合离开上海，小百合的父亲到时会来接应。但第二天，百乐门的黄老板就被人杀害了。 黄老板的死让大家意识到小茉莉案件可能不仅仅是找到凶手那么简单。 司徒亮、知夏和秋妍调查起了工人的背景，他们发现工人家境贫寒却人品端正，和媒体报导的人品形象根本不符。众人带着百合前往和黄老板约定地点，却发现是一个骗局。大家最后发现了小百合的玩具兔子里的秘密——项链和暗号。 警察局长的生日宴在新开的百乐门举行，司徒亮偷偷安排三姐妹混进去。知夏打扮成伪证工人和凶手进行交易，原来凶手正是司徒亮的同事周警长。局长派人将周警长抓了起来。 真正的凶手终于落网。一切看似风平浪静的时候，新的暗杀又在风起云涌......

故事发生在未来世界之中，在那里，怪盗和侦探是两个同样活跃但相互对立的群体，长久以来，两个群体之间一直维系着相互制约和对抗的微妙平衡。在这样一个动荡的时代中，有一些人拥有着名为“Toys”的特殊能力，拥有这种特殊能力的人们有着比平常人更为缜密的逻辑思维和敏锐的观察能力。  　　天真烂漫活泼可爱的雪莉福德（三森铃子 配音）、成熟冷静充满了高贵而优雅的气质的阿蒂尼亚（橘田泉 配音）、性格内向沉默寡言十分喜欢读书的艾露克露（佐佐木未来 配音）和个性大大咧咧心直口快的让崎妮洛（徳井青空 配音），这四名拥有特殊能力的少女们展开了和怪盗之间的争斗。

上集的末尾，雷洛（刘德华 饰）遇上了阿霞（邱淑贞 饰），并见到自己的儿子雷用贤，原来当年阿霞被亲戚带到了东莞，逃过了那场大火，当时已有身孕。雷诺自觉愧对他们母子，和妻子白月嫦（张敏 饰）商量后，准备纳阿霞为妾，谁知此时，港英政府宣布废除大清律例，执行一夫一妻制，阿霞无奈 之下，带着儿子远走他乡。  　　十多年之后，一家人再次重逢。此时的雷洛荣升总华探长，经历了偏门百花齐放的六十年代，累积了巨额财富，成为当时社会最叱诧风云的人物，不过潜在的危险也渐渐袭来；阿霞一人在海外辛苦，供儿子念书，身染重病；儿子雷用贤（郭富城 饰）大学毕业，是港英政府筹建廉政公署而招揽的人才，对父亲的所作所为深恶痛绝。  　　阿霞病危，雷洛带伤到医院探望，雷洛的仇家也追杀到了医院，儿子雷用贤看见父亲陷入险境，心中也展开了激烈的天人交战……

讲述了患有超忆症的重案组警察郭文斌利用自己的特殊记忆能力与罪案凶手斗智斗勇，最终揭开案件背后的悲剧真相并坚持正义原则的故事。

因为偷税事件，曾经处于精英组的百合根友久（冈田将生 饰）被踢到早先成立的科学搜查班（ST）担任指挥官，通过之前的合作，虽然百合根始终未能完全接受青山翔（志田未来 饰）、结城翠（芦名星 饰）、黑崎勇治（漥田正孝 饰）、山吹才藏（三宅弘城 饰）以及ST实际领导者赤城左门（藤原龙也 饰）这群怪人的行径，却也为他们自身那极度专业和见斥于周遭的气息所感染。百合根一面盼望早日回到搜查一课，一面又打算多守护ST的各位一段时间。随着作为后盾的三枝警官（渡部笃郎 饰）的离开和ST新任监查松户紫织（濑户朝香 饰）的到来，ST面临生死存亡的危机。赤门渐渐走出家门，百合根则成为遏止这头怪物不可或缺的重要存在……  　　本片根据今野敏的原作改编。